Музейде сақтауға алынған 25 369 жәдігердің 13 583-і нумизматикалық жәдігерлер болып табылады. Нумизматикалық жәдігерлер қорындағы ескерткіштердің өзі ішінара негізгі және көмекші қор жәдігерлері болып бөлінген. Негізгі қор жәдігерлері қатарына археологиялық қазба жұмыстары кезінде табылған нумизматикалық табыстар, көмбелер, сирек кездесетін жәдігерлер кіргізілген. Қордағы негізгі қор жәдігерлерінің көпшілігі белгілі нумизмат-ғалымдар тарапынан зерттеліп, ғылыми айналымға ендірілген.

Музейдің нумизматикалық жәдігерлер қорында Түркістан аумағының әр-жерінен табылған ортағасыр ақша көмбелері бар. Қазіргі таңда мұражай қорында 7 көмбенің жәдігерлері есепке алынған. Атап айтар болсақ:

1- 1996 жылы жүргізілген қазба жұмыстары кезінде табылған «Яссы-Күлтөбе»,

2- 1998 жылы жүргізілген қазба жұмыстары кезінде табылған «Тоған»,

3- Құрысай көмбесі,

4- Қарашық көмбесі,

5- Ораңғай күлтөбесінен табылған XVI ғ. мыс ақшалар көмбесі.

6- Ораңғай 2 көмбесі,

7- Түркістан қаласы, «Қоқан цитаделінен» табылған Жәнидтер теңгелерінің көмбесі.

Бұл көмбелердің көпшілігі Қазақстандық нумизмат-ғалым Р.З.Бурнашева және Өзбекстандық ғалым Л. Шпенева тарапынан зерттелген.

Музейдің нумизматикалық жәдігерлер қорында археологиялық қазба жұмыстары нәтижесінде табылған ақша көмбелерімен қатар кездейсоқ табылған көмбелер де бар. 2002 жылы қала тұрғындары Қарашық өзені маңындағы мазаратта мәйітті жерлеу кезінде шамамен 6000 данадан тұратын мыс ақшалар көмбесін тапқан. Алайда белгісіз себептермен мұражай қорына 4073 данасы ғана келіп түскен. Көмбені зерттеген Өзбекстандық ғалым Л.Шпенева көмбенің түгелдей Темір әулетінің билеушісі Ұлықбек жүргізген ақша реформасынан кейін соғылған мыс ақшалар екендігін анықтады.

2012 жылдың ақпан айында Ораңғай елді мекенінің тұрғыны кездейсоқ тауып алған ХV ғасырдың соңы мен ХVІ ғасырдың алғашқы ширегінде соғылған 54 дана мыс фельстерді (мыс ақшалар) музей қорына өткізді. Бұл көмбе зерттеліп, ғылыми айналымға жіберілді. 2012 жылдың наурыз айында Шаян ауданы Сарыбұлақ елді мекенінің тұрғыны тау етегіндегі Құрысай деген жерден табылған 450 дана мыс ақшалар көмбесін әкеліп өткізді. Көмбені зерттеу барысында көмбе ХІІІ ғасырдың екінші жартысында соғылған Шағатай ұлысының күмістелген мыс дирхемдері екендігі анықталды. Бұл көмбе зерттеліп, нәтижесінде, Отырарда ХІІІ ғасырдың екінші жартысында соғылған Шағатай ұлысының күмістелген мыс ақшаларын зерттеген ғалымдардың еңбектерінде кездеспейтін тың жаңалықтар көрініс берді.

Қорда алтын, күміс және мыстан соғылған жәдігерлер сақтауға алынған. Құнды металдардан соғылған ақшалардың барлығы дерлік Республикалық сынамдау палатасында тексеріліп, құрамы анықталған.

Нумизматикалық көмекші қор жәдігерлері мұражай археологтары тарапынан жыл сайын жүргізіліп тұратын қазба жұмыстарында табылып жататын нумизматикалық табыстардың сақталу жағдайы нашар нұсқалары және Қожа Ахмет Ясауи кесенесіне әлемнің түкпір-түкпірінен туристік және Ясауи кесенесіне зиярат ету мақсаттарында келушілердің, қайырымдылық сейфтеріне салған ақша түрлері есебінен толығып отыратын «Әлем халықтары ақшалары» коллекциясынан тұрады.

Нумизматикалық жәдігерлер қорында нумизматикалық жәдігерлермен қатар бонистикалық, фалеристикалық жәдігерлер де сақтауға алынған.