Музей-зповедник много лет тесно сотрудничает с отечественными и зарубежными научными учреждениями. Уже в 2022 году было заключено несколько договоров, непосредственно связанных с проектными работами. С Министерством культуры и туризма Турецкой Республики подписан Меморандум о сотрудничестве, также с Турецким агентством по сотрудничеству и координации (pdf), Меморандум о сотрудничестве с Центром исследований исламской истории, искусства и культуры (IRCICA) (pdf), Организацией сотрудничества Турецкой Республики (IRCICA), Центром археологии и археологии Восточной Азии г.Турин, Республика Италия (КРАСТ), меморандум о взаимопонимании с Фондом музеев Турина (ФТМ), меморандум о сотрудничестве с «Узгунским Государственным историко-культурным музеем-заповедником» Кыргызской Республики (pdf), и подписан Меморандум о сотрудничестве с Самаркандским государственным музеем-заповедником Республики Узбекистан (pdf).