Музей-заповедник много лет тесно сотрудничает с отечественными и зарубежными научными учреждениями. Уже в 2022 году было заключено несколько договоров, непосредственно связанных с проектными работами.

С Министерством культуры и туризма Турецкой Республики подписан Меморандум о сотрудничестве, также с Турецким агентством по сотрудничеству и координации (pdf),

Меморандум о сотрудничестве с Центром исследований исламской истории, искусства и культуры (IRCICA) (pdf)

Организацией сотрудничества Турецкой Республики (IRCICA), Центром археологии и археологии Восточной Азии г.Турин, Республика Италия (КРАСТ), Меморандум о взаимопонимании с Фондом музеев Турина (ФТМ),

Меморандум о сотрудничестве с «Узгунским Государственным историко-культурным музеем-заповедником» Кыргызской Республики (pdf)

Меморандум о сотрудничестве с Самаркандским государственным музеем-заповедником Республики Узбекистан (pdf).

Меморандум о взаимопонимании и сотрудничестве между Азербайджанским национальным музеем ковра (pdf)

Меморандум о взаимопонимании между государственным автономным учреждением культуры «Оренбургский губернаторский историко-краеведческий музей» (pdf)